Awọn arakunrin ṣe ilana ilana alchemic ti eewọ ti gbigbe eniyan ni igbiyanju lati ji dide rẹ nigbati Trisha ku ti ajakalẹ-arun naa. Gẹgẹbi abajade, awọn ipaniyan transmutation ati ni ofin pẹlu paṣipaarọ dogba, ẹsẹ osi ati gbogbo ara Alphonse ti Edward ti parun. Edward padanu apa ọtún rẹ lati gba ẹmi Alphonse là, ni dida rẹ ti o ni edidi ẹjẹ sinu aṣọ ihamọra kan. Roy Mustang nkepe Edward lati di ọna lati ṣe atunṣe ara Alphonse lati ṣe iwadi nipasẹ Alchemist ti Ipinle kan. Edward bori, di orukọ ni ibamu si awọn ọwọ ọwọ panṣaga rẹ, Alchemist Fullmetal.
Ọdun mẹta lori, awọn Elrics wa fun Stone Philosopher's arosọ lati mọ awọn ibi-afẹde wọn. Marcoh firanṣẹ awọn akọsilẹ rẹ lati rii nipasẹ wọn, sibẹsibẹ wọn kọ ẹkọ ifosiwewe pataki lati ṣe Stone gangan jẹ awọn ẹbọ eniyan. Ọrẹ ti Mustang, Maes Hughes, gbejade lori iwadi wọn, ṣugbọn o ta shot pẹlu Ilara ti a pamọ fun wiwa awọn imọran ti Homunculi.
Ri pẹlu Izumi, awọn Elrics kọ ẹkọ transmutation eniyan ti ṣe nipasẹ ọmọ rẹ ti o ku. Ẹtan homunculus ti ko ni nkan mu Alphonse, ṣugbọn o wa ni fipamọ nipasẹ Alakoso Amestris King Bradley, ti o han lati ṣiṣẹ bi Ibinu homunculus. Nitorinaa ojukokoro ti yo nipasẹ ati tun pada sinu inu ipilẹṣẹ Baba ti Homunculi. Winry ati awọn Elrics pada si Central Ilu lati lọ si pẹlu Hughes ṣugbọn kọ ẹkọ nipa gbigbeja rẹ. Lieutenant Maria Ross ti wa ni ipilẹ fun ipaniyan Hughes, ṣugbọn o han gbangba pe Mustang pa rẹ. Sibẹsibẹ, Edward kẹkọọ ilọkuro Ross ti ṣe apejọ nitorinaa ki o le gbe wọle nipasẹ Mustang lati awọn ilu apapọ si Xing, ti iranlọwọ nipasẹ ọmọ-alade Xingese Ling Yao Hohenheim tun darapọ mọ nipasẹ Edward ṣugbọn o kẹgàn fun isansa pipẹ rẹ ni ibugbe.
Bi itan ti nlọsiwaju, awọn Homunculi ni alabapade nipasẹ awọn oṣere leralera. Mustang pa ifẹkufẹ; Mustang ati Ling gba Gluttony, sibẹsibẹ o pari jijẹ Ilara sinu asan rẹ, ati Edward, ikun ti o dabi Ling. Gluttony gba Alphonse lati pade Baba, ṣugbọn Ling yipada si ọtun sinu homunculus kan, ni pataki afata tuntun ti Oju ipa, nigbati awọn miiran yọ kuro ninu ikun ti Gluttony. Awọn Elrics ti tu silẹ lati tẹsiwaju ilepa wọn ti pese pe Baba ko ni tako wọn.
Wiwa oju eefin ti ipamo labẹ Briggs, Gbogbogbo Olivier Armstrong wa Baba ati awọn Elrics ti n ṣẹda ẹgbẹ gbigbejade orilẹ-ede kan ati pe o pinnu lati fun awọn ara ilu rẹ nitori ki o le gun oke ọlọrun. Ojuju gba pada da awọn baba ati awọn iranti ara ẹni ti tẹlẹ rẹ pọ, lẹgbẹẹ lẹhin, ati Edward, awọn minime ti chimera ti Kimblee Hohenheim. Hohenheim ṣafihan fun awọn ọmọ rẹ ni ọkọọkan pe kii ṣe eniyan, yipada si ọtun si Stone Philosopher laaye nipasẹ Baba ọdunrun ọdun sẹhin.
Ọjọ Ileri ti de ati Baba mura lati bẹrẹ ilana rẹ ti o ni oṣupa ati awọn ti o gbiyanju igbidanwo eniyan bi awọn ẹbọ rẹ ti o ṣe pataki. Orisirisi awọn ohun kikọ silẹ rogbodiyan pẹlu awọn minisita ti Baba, pẹlu gbogbo Homunculi ti pari. Ni atẹle Mustang ti a fi agbara mu, bakanna bi awọn Elrics, Izumi, Hohenheim ni a kojọpọ gẹgẹbi awọn idi ti baba ṣe mu gbigbe orilẹ-ede ṣiṣẹ. Sibẹsibẹ, Scar ati Hohenheim muu awọn Amestria ṣiṣẹ lati wa ni fipamọ nipasẹ awọn igbese idiwọn. Ifojukokoro ti bajẹ nipasẹ Baba, botilẹjẹpe baba dojuko loke ilẹ nibiti awọn alatako ja fun u lati wọ Stone Stone Philosopher.
Alphonse, ẹniti ihamọra rẹ jẹ gbogbo ṣugbọn o parun nipasẹ ija ikẹhin si Baba, fun ẹmi rẹ lati pada si apa ọtun, ẹniti o pa iparun Baba run, ni fifiranṣẹ pada si Ẹnubode Otitọ Otitọ ti Edward. Edward padanu agbara rẹ lati ṣe alchemy lati gba ẹmi ati ara Alphonse pada. Hohenheim wo iboji nibiti o ti kú ni ariwo ti Trisha.
