Grisaia: Nkan Fantomu waye lẹhin iṣẹ-ọna mẹta ti Grisia ti o wa, ati pe o ni ẹya tuntun tuntun ti awọn akọni obinrin ati akọni tuntun kan.
Ni atẹle iṣẹlẹ Heath Oslo, aye ti agbari-ẹru US-Japanese CIRS ti di ọrọ ti imọ gbogbogbo. A ti tun CIRS kọ lati ilẹ de, ati awọn iṣẹ ikọkọ ti o pọ julọ ti yika si ile ibẹwẹ tuntun kan: SORD (Social Ops, Research & Development).
Aṣeyọri ti SORD ni lati kọ ikẹkọ iran tuntun ti awọn oṣiṣẹ lati daabobo orilẹ-ede naa lodi si awọn irokeke ọjọ iwaju. Ni opin yẹn, agbari ti ṣeto ọpọlọpọ awọn ile-iwe ni oke ati isalẹ orilẹ-ede naa. Ile ẹkọ giga Mihama, diẹ sii-tabi-kere si osi lati bajẹ lẹhin pipade rẹ lojiji, ti fun ni idi tuntun gẹgẹbi iru ‘ile-iwe ikẹkọ ọlọgbọn’ bẹẹ.
Ifijiṣẹ tuntun yii ti Ile-ẹkọ giga Mihama jẹ ile fun ẹgbẹ awọn ọmọ ile-iwe ti o yatọ, ti wọn n ṣiṣẹ lojoojumọ lati jẹ ki awọn ọgbọn dani wọn - nigbamiran lori iṣẹ. Ibọn kekere kan wa ti a npè ni Fukami Rena (apeso: “The Rabid Dog”), apanirun kan ti a npè ni Shishigaya Tohka, amoye ọlọgbọn kan ti a npè ni Kujirase Christina Sakurako, ninja kan ti a npè ni Ikoma Murasaki, ati nikẹhin, Aoi Haruto, olutọju wọn. Ile-iwe ikẹkọ ojogbon ti SORD gbekele awọn ọmọbirin ti ko tọ ti o wa pẹlu rẹ pẹlu awọn ibọn ati ohun ija laaye ni orukọ aabo orilẹ-ede.
Ṣiṣe isanwo aabo ti ara wọn ko si fiyesi, awọn ọmọ ile-iwe wọnyi ni igbakan ati lẹẹkansi wọ sinu awọn iṣẹ apinfunni elewu ti o lewu - gbogbo rẹ fun ire ijọba naa.
