Ọna naa waye ni ọdun mẹrin lẹhin awọn iṣẹlẹ ti Girl Magical Lyrical Nanoha StrikerS, lakoko eyiti ọmọbinrin idan Nanoha Takamachi ṣe igbala ati gba ọmọbirin kan ti a npè ni Vivio, ti o jẹ atunkọ ti Sankt Kaiser, Olivie Segbrecht. Lẹhin titẹ si ọdun kẹrin ti ile-iwe alakọbẹrẹ, Vivio ni a fun ni ẹrọ oye ti tirẹ, Ọkàn mimọ, o si ni agbara lati yi pada nipa lilo ipo agba Sankt Kaiser. Laipẹ o wa kọja ọmọbirin kan ti a npè ni Einhart Stratos ẹniti, bii Vivio, jẹ ọmọ ti oludari Sankt Kaiser miiran, Claus GS Ingvalt. Bi Einhart ṣe pinnu lati fi idi ara ija rẹ mulẹ ni agbara julọ, Vivio ni ọrẹ pẹlu rẹ, ati pẹlu awọn ọrẹ rẹ, wọn wọ idije figagbaga ti ologun nibiti wọn ti ja lodi si ọpọlọpọ awọn alatako idan ati kọ ẹkọ diẹ sii nipa awọn igbesi aye wọn ti o kọja.
